ד"ר שושנה כהן מנהלת מעבדת NGS ולירון אקסלרוד עונים לשאלות הנפוצות ביותר מצדכם -הלקוחות. יש לכם עוד שאלות? מוזמנים לפנות אלינו.
צוות מעבדת ה – NGS (Next Generation Sequencing) של hylabs מטפל בעשרות דגימות המגיעות מדי חודש ומספק מענה לשאלות שונות שאתם,לקוחותינו, מציגים לנו. על מנת להקל עליכם בתהליך ואולי גם לענות על שאלות נוספות שהייתם רוצים לשאול, ביקשנו מד"ר שושנה כהן, מנהלת מעבדת ה – NGS ולירון אקסלרוד לרכז את השאלות הנפוצות ביותר שהם מקבלים ולהשיב עליהן מול המצלמה.
באותה הזדמנות ביקשנו מהם לתת כלים נוספים לחוקרים ולאנשי המעבדות ולהזמין אתכם להיעזר ביכולות המתקדמות של המעבדה המעמידה לרשותכם צוות של ביואינפורמטיקאים מהשורה הראשונה ומציעה ליווי לאורך התהליך.
מוזמנים לצפות בסרטון הוידיאו בו שושנה ולירון עונים על השאלות מול המצלמה.
מעדיפים לקרוא? ריכזנו עבורכם את השאלות והתשובות שהוצגו בסרטון.
Amplicon-Seq – האם אני צריך לנקות את תוצרי ה-PCR לפני השליחה אליכם?
"כן, חשוב מאד לשלוח תוצרי PCR מנוקים מאחר ושליחת תוצר לא נקי יכולה לגרום
להגברת תוצרים לא ספציפיים, מה שישפיע על התוצאות. אנו מציעים שירותי ניקיון, ניתן
לפנות למעבדה לקבלת השירות".
כיצד להכין את הדוגמאות למשלוח ומהן דרישות האיכות המינימליות?
"כששולחים DNA מופק, יש לשלוח כ-500ng בריכוז של ~20ng/ul וברמת ניקיון 260/280 של 1.8-2.0. כששולחים תוצרי PCR, יש לשלוח תוצר מנוקה (או לפנות אלינו לביצוע ניקיון) ולוודא שהפריימרים מתוכננים בהתאם לברקודים שהמעבדה משתמשת בהם. כששולחים דוגמאות מוכנות להרצה יש לצרף את רשימת הברקודים שבהם נעשה שימוש. הדוגמאות צריכות להישמר ולהישלח בקירור. כאשר שולחים חומר גלם להפקה יש להתייעץ עם המעבדה בהתאם לסוג הדגימה שרוצים לשלוח".
אני לקוח חדש. מה הפרוצדורה הנדרשת על מנת להכניס הזמנה באתר בפעם הראשונה?
"קודם כל יש לפתוח משתמש חדש באתר. יש להיכנס לשירותי המעבדה באזור
הלקוחות ולבחור ב-Next Generation Sequencing. בדף הבא יש לבחור בסוג השירות שתרצו לקבל (Microbiome, Whole Genome Sequencing, etc.) ולמלא את הפרטים המתאימים בטבלה".
מה מספר הקריאות המומלץ לדוגמא?
"בפרויקט מיקרוביום המינימום הוא 25K קריאות לדוגמא, לצורכי מחקר
אנו ממליצים על 50K ואם רוצים לגלות חיידקים נדירים או בכמות
נמוכה יש לבחור 100K קריאות לדוגמא. בפרויקטים של WGS או RNA-Seq העומק מאד תלוי בסוג הדגימה וסוג הפרויקט ויש להתייעץ עם המעבדה לפני שליחת הדוגמאות".
באיזה מכשור אתם משתמשים לריצוף?
"יש לנו הרצות משותפות קבועות של 500 cycles 250PE)), לפחות פעם בשבוע על מכשיר Miseq של Illumina. הרצות אלו נותנות כ-12M קריאות ומתאימות לביצוע
פרויקטים קטנים. כמובן שניתן גם לבצע Dedicated Runs. לאחרונה התחדשנו במכשיר Nextseq שיכול לתת עד 400M קריאות ומתאים לפרויקטים גדולים יותר".
מה ההבדל העיקרי בין ריצוף סנגר ל-NGS ואיך אני יודע באילו מהם אני צריך לבחור?
"ריצוף סנגר מתאים לדגימה "נקיה" וכאשר מעוניינים לקבל ריצוף יחיד. אם יש זיהום בדגימה או שהדגימה מורכבת ממספר רצפי DNA שונים, יותר יתאים לכם NGS".
האם אתם מציעים שירותי אנליזה?
"כן, אנו מציעים מגוון רחב של שירותי אנליזה החל מתכנון הניסוי, דרך
אנליזות מיקרוביום, RNA-seq, Alpha/Beta Diversity, De-novo Assembly and alignment to reference genome, SNP Analysis and variant calling, Guide-seq ועוד. הקמנו צוות רחב של ביואינפורמטיקאים שישמח לעמוד לרשותכם לייעוץ ותכנון לגבי סוגים נוספים מותאמים אישית".
מה ההבדל בין בדיקת Microbiome לבין Whole Genome Sequencing?
"בדיקת Microbiome מתבצעת על ידי הגברת אזורים מסוימים ב-16S/18S/ITS ונותן
תוצאות ברמת ה-Species. בדיקת Whole Genome Sequencing נותנת את
הגנום השלם של האורגניזם ותדרוש כמות גדולה יותר של קריאות ולרוב גם מכשור שונה".
איזה שלב בתהליך אני צריך לשלוח את הדוגמאות שלי (חומר גלם/DNA/תוצר (PCR?
"ניתן להצטרף בכל שלב בתהליך. אנחנו יכולים לבצע הפקות DNA, לבצע את שני שלבי ה-PCR אצלנו או רק אחד מהם וגם להריץ דוגמאות מוכנות להרצה. כמובן שחשוב לקבל הדרכה מצוות המעבדה כאשר רוצים לשלוח דוגמאות באמצע התהליך".
באיזה פורמט יישלחו אלי התוצאות?
"ה-Raw Data מגיע כקבצי FastQ.gz. התוצאות מופיעות תחת לשונית ה-Results באתר ומכילות לינק לתיקיית Dropbox האישית של הלקוח".
Amplicon-Seq – באילו אדפטורים אתם משתמשים ומהם הרצפים אותם אצטרך להכניס לפריימרים?
"אנו משתמשים במספר סוגים שונים של ברקודים כאשר העיקרי שבהם הוא Nextera של חברת Illumina. חשוב מאד לפנות למעבדה לפני תכנון הפריימרים על מנת לקבל את הרצפים המתאימים ולתכנן את הפריימרים בצורה הנכונה".
אני מעוניין לבצע RNA-seq. מה הדרך הכי טובה להיפטר מה-RNA הריבוזומלי?
"ישנן שתי דרכים עיקריות והן תלויות באופי הפרויקט. הראשונה היא Poly-A selection המתאימה לבדיקה באורגניזמים אאוקריוטים. במידה ומדובר באורגניזם פרוקריוטי או שמעוניינים בסוגי RNA שונים מלבד ה mRNA, יהיה צורך לבצע rRNA Depletion".
מהן השיטות בהן אנו משתמשים במעבדת הNGS? לחצו כאן